Khi ứng cử đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa XIV vào tháng 5 năm 2016 ông đang là Tỉnh ủy viên, Ủy viên Ủy ban Kinh tế của Quốc hội Việt Nam khóa XIII, Phó Trưởng Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình, làm việc ở Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình.

Ngày 22 tháng 5 năm 2016, Bùi Văn Phương tiếp tục trúng cử Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa 14 nhiệm kì 2016-2021 ở đơn vị bầu cử số 1, tỉnh Ninh Bình gồm có thành phố Ninh Bình và các huyện: Nho Quan, Gia Viễn, Hoa Lư, được 284.475 phiếu, đạt tỷ lệ 85,29% số phiếu hợp lệ.

Sau đó ông được bầu làm Phó Trưởng Đoàn chuyên trách Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình.

Ông hiện là Tỉnh ủy viên tỉnh ủy Ninh Bình, Phó Trưởng Đoàn chuyên trách Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình khóa 14, Ủy viên Ủy ban Tài chính, Ngân sách của Quốc hội khóa 14 (Đại biểu chuyên trách Địa phương).

Ông đang làm việc ở Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình.

Bảo vệ dự án nạo vét sông Sào Khê, Ninh Bình

Chiều ngày 28 tháng 5 năm 2018, tại nghị trường Quốc hội, trước phản ánh của đại biểu Nguyễn Anh Trí về dự án nạo vét sông Sào Khê ở tỉnh Ninh Bình (bắt đầu từ năm 2001) đã đội vốn hơn 36 lần từ 72 tỉ đồng được phê duyệt ban đầu lên tới 2595 tỉ đồng, Bùi Văn Phương cho rằng kinh phí như vậy là hợp lí vì dự án từ mục tiêu duy nhất là nạo vét sông phục vụ tưới tiêu nông nghiệp đã được thêm 3 mục tiêu nữa là tôn tạo cố đô Hoa Lư, phục vụ giao thông thuỷ, phục vụ công trình du lịch, trong đó 1400 tỉ đồng là vốn nhà nước, còn 1200 tỉ đồng là vốn xã hội hóa từ dân. Tuy nhiên, sau đó đại biểu Trương Trọng Nghĩa đã cho rằng không có lí do biện minh hợp lí cho việc đội vốn và đề nghị thanh tra dự án, còn đại biểu Nguyễn Anh Trí thì truy vấn về vấn đề kinh phí nhà nước lấy từ đâu để bù đắp cho dự án bị đội vốn.[7][8][9]

Bảo vệ mô hình một chương trình, nhiều sách giáo khoa

Sáng ngày 4 tháng 4 năm 2019, tại Hội nghị đại biểu Quốc hội chuyên trách thảo luận dự án Luật giáo dục (sửa đổi) diễn ra tại Hà Nội, ông bày tỏ sự ủng hộ việc biên soạn nhiều bộ sách giáo khoa khác nhau, trong khi nhiều đại biểu khác muốn có một bộ sách giáo khoa thống nhất trong cả nước.[10]